Aπό τις 1 έως τις 20 Αυγούστου 2016 συνεχίστηκε η ανασκαφή κοντά στο μοναστήρι της Κοίμησης στο νότιο τμήμα της Θηρασίας, απέναντι από το Ασπρονήσι. Φορείς ήταν το Ιόνιο Πανεπιστήμιο (Σμπόνιας Κώστας), το Πανεπιστήμιο Κρήτης (Ίρις Τζαχίλη) και η Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων (Μάγια Ευσταθίου). Πολύτιμη ήταν η αρωγή για το αρχιτεκτονικό τμήμα της καθηγήτριας Κλαίρης Παλυβού. Η ανασκαφή αποκαλύπτει έναν πρωτοκυκλαδικό και μεσοκυκλαδικό οικισμό πολύ κοντά στο μοναστήρι, στα νότια και νοτιοανατολικά του, με μέτωπο προς την καλντέρα στα ανατολικά και το Ασπρονήσι στα νότια. Σύμφωνα με τις μελέτες του κ. Γιώργου Βουγιουκαλάκη ο οικισμός βρισκόταν στα υψηλότερα πρανή ένός λόφου, στις παρυφές μιας πεδινής περιοχής που έσβηνε ομαλά προς το Ασπρονήσι, κοντά στη θαλάσσια δίοδο εισόδου προς την καλδέρα. Ένα μέρος του οικισμού έχει διαβρωθεί και παρασυρθεί στον γκρεμό κατά την γεωλογική απόσπαση της νήσου Θηρασίας από το Ασπρονήσι, ως αποτέλεσμα της μεγάλης μινωικής ηφαιστειακής έκρηξης.
Στην φετινή περίοδο έγινε μία τομή στο ύψος περίπου της κορυφής του αρχικού λόφου, στο ανώτατο δηλαδή πλάτωμα και δύο άλλες τομές σε αρκετά χαμηλότερα πλατώματα, ώστε να φανεί η διαμόρφωση κατά άνδηρα του οικισμένου χώρου, η επικοινωνία μεταξύ τους αλλά και στοιχεία για τη συνολική έκτασή του.
Προέκυψαν στοιχεία για την οικιστική οργάνωση (τρόποι δόμησης, τρόποι έδρασης των τοίχων, στοιχεία για τη στέγαση) και τις επάλληλες φάσεις, πολλές φορές με διαφορετική κατεύθυνση και προσανατολισμό. Μεταξύ των εξεχόντων κτισμάτων που εντοπίστηκαν είναι ένα μνημειώδες ελλειψοειδές κτήριο.
Σύμφωνα με τις μαρτυρίες της κεραμεικής η ανθρώπινη παρουσία στο χώρο αρχίζει την υπο-νεολιθική περίοδο και εκτείνεται σε όλη την πρώιμη εποχή του Χαλκού έως το τέλος της Μεσοκυκλαδικής Περιόδου. Η πληρέστερη μελέτη της κεραμεικής θα διασαφηνίσει περισσότερο τις φάσεις κατοίκησης. Ήδη όμως εμφανίζεται μεγαλύτερη πυκνότητα μεσοκυκλαδικής κεραμεικής προς τα ανώτατα πλατώματα από ό,τι στα χαμηλότερα, όπου η κεραμεική είναι αμιγώς πρωτοκυκλαδική.
Όπως και τα προηγούμενα έτη, υπάρχουν πολλά λίθινα εργαλεία και οψιανοί εξαιρετικής κατεργασίας. Σε δύο περιπτώσεις μάλιστα βρέθηκαν και πυρήνες. Στο ανώτατο στρώμα αμέσως πριν τη μινωική έκρηξη, σφραγισμένο από τα υπερκείμενα στρώματα της έκρηξης (ελαφρόπετρα και ηφαιστειακή τέφρα), εντοπίστηκε μεταξύ των λίθων του στρώματος καταστροφής του οικισμού πυρά με μεγάλη ποσότητα από κάρβουνα που προέρχονται πιθανότητα από το ίδιο δέντρο. Μεταξύ των οικοδεδομένων βρέθηκαν πολλά οστά και μεγάλες ποσότητες από πεταλίδες.
Κατά την ανασκαφική περίοδο του 2016 συμπληρώθηκαν οι πληροφορίες των προηγούμενων ετών, προσεγγίζοντας καλύτερα τη λειτουργία των κτιρίων, τις φάσεις κατοίκησης μέσα από την κεραμεική, την τυπολογία της και κυρίως τις χρήσεις.
