Η Γυάρος αποτελεί το πρώτο θαλάσσιο Καταφύγιο Άγριας Ζωής (ΚΑΖ) στην Ελλάδα, μετά από απόφαση της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αιγαίου, διασφαλίζοντας έτσι την προστασία της μεσογειακής φώκιας, σπάνιων θαλασσοπουλιών, όπως ο Μύχος, αλλά και ενός μοναδικού βυθού, το 50% του οποίου καλύπτεται από λιβάδια Ποσειδωνίας και τραγάνες.
Η ίδρυση του πρώτου θαλάσσιου Καταφυγίου Άγριας Ζωής στην Ελλάδα πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος ΚΥΚΛΑΔΕΣ LIFE, το οποίο συντονίζει το WWF Ελλάς. Το συγκεκριμένο πρόγραμμα έχει ως στόχο τη δημιουργία μιας πρότυπης θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής γύρω από την περιοχή Natura της Γυάρου που στοχεύει στην ανάδειξη της περιβαλλοντικής αξίας της περιοχής, στηρίζοντας τη βιώσιμη αλιεία και τις τοπικές οικονομίες των νησιών Σύρου και Άνδρου.
Η Γυάρος βρίσκεται ανάμεσα στη Σύρο, την Άνδρο και την Κέα, έχει επιφάνεια 17,574 τ.χλμ. και ακτογραμή 33 χλμ. Από το 2002 που έπαψε να είναι πεδίο βολής του ναυτικού, ξεκίνησαν οι αναφορές από πολίτες που βλέπουν στις ακτές και τις παραλίες της Μεσογειακές φώκιες Monachus monachus, το πιο απειλούμενο με εξαφάνιση και σπάνιο θαλάσσιου θηλαστικού της Ευρώπης. Μετά από δεκάδες αποστολές έρευνας της MOm, επιβεβαιώθηκε ότι η Γυάρος αποτελεί έναν από τους πιο σημαντικούς βιότοπους για τη Μεσογειακή φώκια, φιλοξενώντας τον μεγαλύτερο πληθυσμό του είδους στη Μεσόγειο, ο οποίος αναπαράγεται κάθε χρόνο με σταθερά υψηλούς ρυθμούς. Το νησί όμως φιλοξενεί θαλάσσιους οικοτόπους προτεραιότητας, όπως η Ποσειδωνία και η τραγάνα, που παρέχουν καταφύγιο σε χιλιάδες θαλάσσιους οργανισμούς. Έτσι, και κατόπιν της σύμφωνης γνώμης φορέων και ψαράδων, που οι ίδιοι είχαν εκφράσει την ανάγκη δημιουργίας μιας θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής στις Κυκλάδες, το νησί εντάχθηκε στο ευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000 το 2011
