Την παραίτησή του από Επίσκοπος Σύρου-Θήρας-Κρήτης έθεσε ο Πέτρος Στεφάνου στην κρίση και τη διάθεση της Αγίας Έδρας, κατά τη διάρκεια των εργασιών της έκτακτης Συνόδου της Καθολικής Ιεραρχίας Ελλάδος, που πραγματοποιήθηκε την Τρίτη 18 Μαρτίου στην Αθήνα, στην Ιερά Μονή των Καπουκίνων Πατέρων.
Παραιτήθηκε επίσης από τη θέση του Προέδρου της Συνόδου Ιεραρχίας.
Μετά από μυστική ψηφοφορία εξελέγη νέος Πρόεδρος ο Σεβασμιώτατος Θεόδωρος Κοντίδης, Αρχιεπίσκοπος Καθολικών Αθηνών και Αποστολικός Τοποτηρητής Αρχιεπισκοπής Ρόδου.
